Kütüphanenin 2. Katında bulunan Özel Koleksiyonlar Bölümünde, Prof. Dr. Yılmaz Büyükerşen ve Nadir Eserler koleksiyonları bulunmaktadır.
Prof. Dr. Yılmaz Büyükerşen Koleksiyonu diğer kütüphane materyalleri gibi ödünç alınabilir.
Nadir Eserler Koleksiyonu farklı bağışçılardan gelen, ağırlıklı olarak Osmanlıca, Arapça, Farsça dillerinde yayımlanmış, kıymetli kitap, dergi ve yazmalardan oluşur. Koleksiyondaki materyallerin hassasiyeti nedeniyle okuyucuya (mevcutsa) dijital kopyası verilmektedir.
